การทำงานของเซิร์ฟเวอร์นั้นถือว่ามีความซับซ้อนอยู่มากพอสมควร จึงจำเป็นต้องใช้เซิร์ฟเวอร์แอ็พพลิเคชันที่ออกแบบมาเพื่อใช้งานโดยเฉพาะ ทำหน้าที่เป็นตัวกลางเชื่อมต่อข้อมูลระหว่างฐานข้อมูลในระบบ กับผู้ที่ต้องการเข้าถึงข้อมูล เช่น ลูกค้า พนักงาน และเจ้าหน้าที่ดูแลระบบ ในแต่ละรุ่นจะมีความปลอดภัยและรูปแบบการใช้งานที่แตกต่างกัน โดยเฉพาะหน้าต่างควบคุมของตนเอง สำหรับเซิร์ฟเวอร์ควรมีคุณสมบัติพื้นฐานดังนี้เช่น สามารถดูแลระบบตนเองได้อัตโนมัติ อย่างการบริหารการทรัพยกรภายในระบบ รวมถึงจัดการเรื่องความปลอดภัย
ในส่วนของตัวที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นมาอีกจะมีคุณสมบัติพิเศษ และความสามารถเพิ่มขึ้น เช่นระบบจัดกลุ่มข้อมูล การควบคุมปริมาณการรับส่งข้อมูล และระบบอื่นๆ อีกมากมายเพื่อช่วยให้การบริหารจัดการเซิร์ฟเวอร์เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพสูงสุด โดยเซิร์ฟเวอร์แอ็พพลิเคชันอันเป็นที่นิยมใช้ในเครื่องทั่วๆ ที่ได้รับความน่าเชื่อถือจากนาๆ ชาติ ได้แก่ J2EE Glassfish JBoss Apache Tomcat และ Apache Geronimo ทั้งหมดนี้เป็นส่วนหนึ่งที่นิยมใช้กันอย่างแพร่หลายทั่วโลก
ประโยชน์ของการใช้งานเซิร์ฟเวอร์แอ็พพลิเคชันนั้น จะช่วยให้เราสามารถเชื่อมต่อกับฐานข้อมูล หรือเซิร์ฟเวอร์ได้ อย่างเช่นการเชื่อมต่อเว็บเซิร์ฟเวอร์ มันช่วยให้เราเข้าไปควบคุมบริหารจัดการคำสั่งภายนระบบได้ ไม่ว่าจะเป็นการอัพเดตข้อมูล หรืออัพเกรดระบบ และความโดดเด่นอีกเรื่องของมันคือความยืดหยุ่นในการใช้งาน ที่รองรับการเชื่อมจำนวนมากได้ในเวลาเดียวกัน นั่นหมายความว่าผู้ดูแลสามารถรองรับจำนวนผู้เชื่อมต่อได้มากขึ้นโดยไม่ต้องไปยุ่งในส่วนของฮาร์ดแวร์เลย
ส่วนต่อมาคือความปลอดภัยระดับสูง ที่เราสามารถควบคุม และจัดการได้ตลอดเวลา ช่วยป้องกันการโจมตีจากโลกภายนอกโดยเฉพาะ SQL injection attack โดยมีชั้นการเข้าถึงข้อมูลที่แยกออกจากกัน ซึ่งการรักษาความปลอดภัยจะได้รับการปรับปรุงตลอดเวลาผ่านการเฝ้าจับตาดูของระบบ โดยการรวบรวมข้อมูลที่เกิดขึ้นในตอนนั้นมาประมวลผลประกอบการตัดสินใจ และระงับสิทธิการเชื่อมต่อนั้นชั่วคราว ก่อนที่จะแจ้งไปยังผู้ดูแลระบบให้ตรวจสอบอีกครึ้งหนึ่ง
เซิร์ฟเวอร์แอ็พพลิเคชันมีความแตกต่างจากเว็บเซิร์ฟเวอร์โดยจะมีการประมวลผลผ่านชั้นโปรโตคอลมากมาย โดยเว็บเซิร์ฟเวอร์นั้นจะตอบสนองและจัดการกับคำขอในด้านของ HTTP ซึ่งจะส่งคำขอไปยังโฮสต์ของเว็บไซต์ ที่จัดเก็บเนื้อหาแบบสแตติก เช่นรูปภาพ หน้าเว็บไซต์ หรือชุดคำสั่งต่างๆ เว็บเซิร์ฟเวอร์อาจไม่สนับสนุนการเชื่อมต่อฐานข้อมูลร่วมกัน ร่วมถึงขาดความยืดหยุ่นในการทำงานอย่างการใช้งาน โหลดบาลานซ์ การเก็บแคช หรือการจัดกลุ่มข้อมูล
นอกจากนี้มันยังมีความแตกต่างจากเซิร์ฟเวอร์ฐานข้อมูล เนื่องจากเซิร์ฟเวอร์เหล่านี้จะทำหน้าที่เฉพาะเจาะจงในรูปแบบอื่น เช่น การวิเคราะห์ข้อมูล การจัดเก็บ การระเบียบข้อมูล รวมถึงกระบวนการอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการจัดการข้อมูล ผ่านโปรโตคอลหลายตัวอย่าง ODBC JDBC โดยส่วนใหญ่แล้วจะใช้งานในระบบ Oracle SQL Server หรือ MySQL